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SUPER Green I 與 dsDNA 結合熒光信號可增強 800～1000 倍。在 PCR 反應體系中， 加入過量 SUPER Green I 熒光染料，它特異性地摻入 DNA 雙鏈后，熒光信號增強，而不 摻入鏈中的 SUPER Green I 染料分子熒光不變，從而保證熒光信號的增加與 PCR 產物的 增加完全同步。熒光可以在退火階段或者延伸階段測定。

1.使用濃度對熒光 PCR 結果的影響

SUPER Green I 的使用濃度是保證熒光定量 PCR 實驗成功非常關鍵的因素。如果 SUPER Green I 的濃度過低會使熒光信號的變化降低，這就意味著低拷貝的樣品可能無 法檢出。而在高濃度時，將會抑制 PCR 反應，降低 PCR 反應效率。所以一般在使用 SUPER Green I 時應根據實際情況優化使用濃度，反應的終濃度為 1×到 0.2×之間。

2.Mg2+濃度的影響

提高 Mg2+濃度可以降低 SUPER Green I 對 PCR 反應的抑制作用。我們建議在用 SUPER Green I 進行熒光 PCR 反應時，Mg2+濃度比無 SUPER Green I 的普通 PCR 反應高出 0.5～ 3mM。